הכפר פקיעין שוכן על מדרון בצדו הצפון-מזרחי של עמק פקיעין וגרעינו הקדום מצוי כ-80 מטר מעל ערוץ נחל פקיעין. מיקומו של הכפר בתנאים אקולוגיים טובים אלה- גומחה אקולוגית, קירבה למים- משך אליו אוכלוסיה  ואיפשר כלכלה מיטיבית לתושביו, שנהנו ממקורות המים שבקרבתו. העיסוק הנפוץ היה בחקלאות שלחין ובעל, והיערות נוצלו למרעה, לציד ולכריית עצים לבנייה ובעירה.

הכפר נזכר בתעודות עתיקות מהתקופה הרומית והביזנטית המספרות על ריכוז אוכלוסיה חקלאית במקום.

בית הכנסת העתיק בפקיעין נבנה על פי המסורת לאחר חורבן בית המקדש, על שרידי בית מדרשו של התנא רבי יהושע בן חנניה, שהיה לראש החכמים לאחר מותו של רבן גמליאל (בר הפלוגתא הידוע ביותר שלו) בשנת 130 לספירה. בית כנסת זה הוא עדות ליישוב היהודי הקדום בפקיעין שתחילתו בימי בית שני, עת בית מדרשו של ר’ יהושע היה שוקק חיים ומלא בלימוד תורה.

החוקר ש’ קליין השווה את הכתובות העתיקות בבית הכנסת העתיקים ומצא כי הן מיוחסות לזמנו של רשב”י, כלומר לשנת 170 לספירה בקירוב. ממצא זה תואם לקביעת החוקרים קוהל וואצינגר, המייחסים את בניין בתי הכנסיות בגליל לסוף המאה השנייה לספירה, סוף תקופת המשנה.

החוקרים מסכימים כי לאחר חורבן בית שני הגיעו משפחות כוהנים מירושלים לגליל ומספר משפחות השתקעו בפקיעין. לפי מסורת בני המקום הם כולם צאצאי כוהנים ממשמרות הכהונה בבית המקדש, וחלקם אף מיוחסים לר’ יוסי דמן פקיעין.

המסורת מעידה גם, כי כוהנים אלה הביאו לבית הכנסת אבנים מבית המקדש, שעליהן היו מסותתים מנורה, אתרוג ולולב, וגם דמות אחד משערי בית המקדש – שער ניקנור. בין השנים 1931-1926 בדקו ארכיאולוגים את מבנה בית הכנסת ואת האבנים המיוחדות והגיעו למסקנה שלא מדובר באבני בית המקדש, אלא בשני לוחות אבן עתיקים ששרדו מבית הכנסת הקדום. הארכיאולוגים קבעו כי על לוח אחד ישנה תמונת תבליט של ארון הקודש ועל הלוח השני תבליט מנורה, לולב, שופר ומחתה ואלה הסימנים המובהקים הראשונים לקדמוניות היהודים מימי המשנה והגמרא באזור פקיעין.

בזמן מרד בר כוכבא, בשנים 135 – 132 לספירה, הסתתרו במערה בפקיעין רבי שמעון בר יוחאי ובנו רבי אלעזר מפני השלטון הרומי שגזר על היהודים גזירות קשות ואכזריות. הם שהו במערה שלוש עשרה שנה ושם על פי המסורת כתבו את ספר “הזוהר” הקדוש. מקום המערה נחשב עד היום לקדוש גם בעיני תושביה הלא-יהודים של פקיעין.