בית הקברות היהודי העתיק של פקיעין אינו בשימוש כבר שנים רבות. את חלקת בית הקברות חוצה היום הכביש הראשי לכיוון בית ג’אן. חלקו העליון של בית הקברות מגודר ובתוכו כמה קברים ללא מצבות ומערת קבורה עתיקה רחבת-מימדים ומופלאה. במדרון מעבר לכביש בסמוך לבתי הכפר, נמצאים קברים רבים אשר מצבם אינו מעיד עליהם כי הם אכן קברי ישראל. מפאת הזנחה cמשך השנים חלקת בית הקברות אינה מסודרת עוד ורק מצבות וחלקי מצבות הקבועים באדמה מעידים על האופי המיוחד של חלקת אדמה זו.

“בית הקברות נמצא במזרח הכפר, הוא עתיק מאוד, אבותינו ואבות אבותינו מהרבה הרבה דורות קבורים שם. יש קבר אחד ושמו קבר אלדבך, ואם איזה אדם חלה חולי מסוכן והוליכו אותו אל מקום הקבר והעמידוהו על הקבר והחולה מתרפא. בית הקברות משתרע על שטח שבעה דונם אדמה. כל השטח זרוע קברים, קברים, בלי מצבות, כי נחרבו מרוב ימים. הכתובת הכי עתיקה שמצאתי על קבר הוא מלפני 82 שנה. והנה העתקה מכתובת אחת:

זמ’ק’

הישר החו’זהת

משה מור יוסף נלבע

שנת התר”פ

הרבה כוכין נראין בסביבה ההיא המראים שכל השטח היה מקום קבורת ישראל.

עד השנה הוא לא היה גדור והשכנים היו משיגים גבולו וגם מחטטים בקברים והשנה השגנו מהוועד הלאומי סכום כסף וגדרנו גדר סביב בית הקברות”.

אמנם מאז ומתמיד היה מנהגם של בני הכפר להציב מצבות פשוטות מאבני המקום ללא ציון שם על קברי הנפטרים. ברבות הימים נשתכחו השמות וייחוסם, אך מקובל בפי ותיקי פקיעין כי בבית הקברות הגדול טמונים תנאים ואמוראים ושאר גדולי תורה.

אחד הקברים שידוע בוודאות כי הוא נמצא בשטח בית העלמין הינו קברו של רבי יוסף סופר,

מחכמי האשכנזים, הגיע באוניה מקושטא לארץ-ישראל. קהל קושטא היה שוכר פעם בשנה אניה מיוחדת להעביר את עולי-הרגל מקושטא לחופי הארץ. האוניה הייתה מפליגה בדרך כלל בראשית חודש אלול ומגיעה ליפו לפני ראש-השנה ולעכו לפני יום-הכיפורים, ואת החגים בילו מרבית עולי הרגל בצפת או בירושלים. בחודש אלול תקי”ט (1759) הגיע רבי יוסף לקושטא, אבל לא הספיק להגיע עד עזיבת האונייה, ונאלץ להמתין בקושטא שנה תמימה לאוניית עולי הרגל הבאה! לחכמי קושטא שהפצירו בו כי יבוא לדור עימם בקהילתם, ואף הבטיחו לו ממון רב, ענה: “תמיהני עליכם, וכי להרוויח ממון באתי? הלא כל חפצי לשבת בארץ הקדושה!”

רבי יוסף סופר היה מומחה ידוע בכתיבת ספרי תורה, תפילין ומזוזות.

כשהגיע רבי יוסף לפקיעין, תיקן שם את ספרי התורה ומעידים בני המקום על ספרים אלה כי לא ניכר בהם פגם מעולם. נתחבבה מאוד על רבי יוסף ישיבתו בארץ-ישראל בפקיעין דווקא, ובסוף ימיו העתיק את מקום מגוריו אליה ונפטר בה בשנת 1764.

וכך כותב ר’ יוסף סופר באגרת משנת 1762: “…והפקידים שבצפת היו יושבים לע”ע במקום אחד בארץ ישראל, ושמו פקיעין, עם כל החכמים והגבירים, וזה המקום טוב מאוד. שם יש מערה נפלאה שהיה יושב שם רבי שמעון בר יוחאי י”ג שנה ובנו ר’ אלעזר, כשברחו מפני הקיסר, כפי המעשה בש”ס, ואצל המערה יש מעיין אחד של מים חיים, וגם אילן של חרוב, ובזה המקום יש קברים הרבה של צדיקים גם קבר של צדיק אחד ושמו (רבי יוסי מן) פקיעין, והקבר שלו הוא פלא גדול, שנעשה באבן כמו תנור… והייתי ג”כ במערה של רשב”י ז”ל, והיא נפלאת בעיני מאוד”.

על מצבתו בבית העלמין העתיק בפקיעין נכתב: “פה נטמן הגאון הגדול ר’ יוסף סופר, ניסן תקכ”ד”.   בשל הפרעות שתכפו על בית הקברות וריבוי השנים אף מצבה זו נהרסה כליל ועדויות לקיומה מצאנו בכתבי בני הכפר והמבקרים בו.