במאה הט”ז מוזכרת פקיעין במקורות ספרותיים רבים.

התיעוד המוקדם ביותר המתייחס ליישוב יהודי בכפר פקיעין, שהגיע לידינו עולה מתוך ספר מסעותיו של ר’ משה באסולה משנת הרפ”ב (1522). התייר היהודי, ר’ משה באסולה ביקר בפקיעין שנקראה אז בשמה הערבי “בוקיעה”. באסולה מזכיר בספרו עובדי אדמה יהודים ומתאר את מצבם הקשה של היהודים תחת השלטון התורכי. השלטונות הטילו מסים כבדים על היהודים ומי שלא יכול היה לשלם, נלקחו ממנו אדמותיו או הושלך לכלא, ובכלא התורכי קלושים היו הסיכויים לשרוד.

מפחד השלטון התורכי העדיפו רבים מבעלי האדמות היהודים בפקיעין לוותר על הבעלות הישירה על החלקות. חלק מהיהודים רשמו את אדמותיהם על שמם של שכנים דרוזים והיו שמכרו חלק מאדמותיהם.

פקיעין שימשה מתחילת מאה זו, המאה- 16, מקום נופש ליהודי טבריה בימות הקיץ ומקלט לנמלטים מן המגיפות ורעידות-האדמה אשר פקדו לעיתים את צפת ואת טבריה.

רשימות המיסים התורכיות מהמאה הזו מגלות שבכפר בוקעייה בשנים 1525-1526 גדול מספר בעלי הבתים היהודיים משלמי המיסים, כ 33 במספר, ממספר בעלי הבתים הלא יהודיים, כ 26 במספר.

עד שנת 1573 עלה אמנם מספר הבתים היהודיים ל 45 אך מספר בעלי הבתים הלא-יהודיים מגיע ל 84.

בשנים אלו הוטל על “אנשי החסות” בארצות האסלאם עול מיסים כבד: מס הג’יזה, שהוא מס גולגולת כעין פיצוי על החסד שעשו המוסלמים עם “אנשי הספר”, הנוצרים והיהודים, בהתירם להם לקיים את חייהם הדתיים. רשימות המיסים מעידות על גביית המיסים בכפר, גם מבתי-בד לדריכת זיתים ואף ענבים, וכן מבתי אריגה וצביעה.

תשומת לב מיוחדת מעוררות רשימות המיסים התורכיות לגבי גביית מס מטוויית משי בבוקעייה (פקיעין).

בכתבי המהרי”ט, בנו של המבי”ט, הלא הוא ר’ משה מטראני (1500-1580) מחכמי צפת ומגדולי הפוסקים משנת השס”ב (1602), מצאנו כך: “בכפר בוקעייה בגליל העליון תוב”ב נשאלתי בתותים הללו שמאכילין העלין שלהן לתולעי-המשי, אם מותר לעשות כן בשביעית” ומשיב המהרי”ט: “כי משנים קדמוניות נהגו היתר בדבר… הואיל ומתחילתן אינם עומדים לאכילה. אדרבה, הפסד הוא להם, אם היו מניחין אותם לפירות, לפי שהם משתכרים יותר ויותר בגידול המשי מאשר מן הפירות … וזקני העיר הזאת העידו על אבא מאר”י ז”ל ששאלוהו על הדבר, וממילא ממה שלא מחה בידם כמו שהיה מוחה בידם על כמה ענייני שביעית ודאי שלא חשש בזה”.

מתולדותיה של צפת אפשר ללמוד כי המאה הי”ז הייתה תקופה של ירידה באזור כולו שנגרמה עקב זעזועים כלכליים חריפים, גזירות ואסונות. על פי החוקרים יש להניח כי במאה הי”ז בטלו היישובים היהודיים בכפרים הקטנים בגליל,פרט לפקיעין שממנה נותרו בידינו רשימות ומכתבים מתקופה זו.

בשנת 1665 בקירוב הדרוזים הראשונים מגיעים לפקיעין מחלב שבסוריה ואלו הפכו במהרה לחלק אינטגראלי מהכפר.