עמוקה (עֲמֻקָּה) הוא יישוב קהילתי קטן בגליל העליון ליד חצור הגלילית וצפת, השייך למועצה אזורית מרום הגליל. היישוב הוקם בשנת 1980 כחלק מתכנית המצפים בגליל. במקום שכן עד קום המדינה הכפר הערבי עמוקה(ערבית: عمّوقة).
צפונית-מערבית ליישוב שוכן קבר המיוחס לרבי יונתן בן עוזיאל שיש המייחסים לו סגולות טובות.
קברו של רבי יונתן בן עוזיאל
על פי המסורת מצוי קברו של התנא יונתן בן עוזיאל בעמוקה. רבי יונתן היה מגדולי תלמידיו של הלל הזקן. אזכור ראשון בכתב מופיע ב"מגילת אביתר" מסוף המאה ה-11 (כאלף שנה לאחר מותו של בן עוזיאל).
זאב וילנאי כותב כי "רבי שמואל בן שמשון, בשנת 1210, מספר על הקבר הזה: ועליו אילן גדול והישמעאלים מביאין עליו שמן ומדליקין נר לכבודו וגם נודרים שם נדרים לכבודו. ציון הקבר של יונתן בן עוזיאל מובא בציור משנת רצ"ו, 15377, מתוך :יחוס אבות ונביאים.
נהוג לעלות אל קברו בראשי חודשים, באמצע החודש וב־כו בסיוון (יום פטירתו), אך ניתן למצוא שם עולי רגל כל ימות השנה. מנהג שהחל במאה ה-17 הוא לבקש על קברו זרע בר קיימא, פרנסה טובה, נחת מהילדים, בריאות טובה, זיווג הגון וזוגיות טובה. מקור המנהג אינו ברור. וילנאי, בספרו "מצבות קודש בארץ־ישראל", מעלה שתי השערות: האחת, שהמנהג התפתח בעקבות הכתוב בתרגום פסבדו-יונתן (דברים, כ"ד,ו')הכותב כי כל המונע את הקשר בין חתן לכלה הרי הוא כופר בחיי העולם הבא.
למעשה, צמד המלים "והיא עמוקה" משתייך ל"דיבור המתחיל" הבא בדברי רש"י, ומתייחס לדברי הגמרא "והיא עמוקה משאול", אך הקריאה המוטעית קשרה דברי רש"י עם היישוב עמוקה.
בנוסף לשני הסברים אלו, קיימת טענה נפוצה שיונתן בן עוזיאל היה רווק או חשוך ילדים ולפיכך, עלייה לקברו מהווה סגולה לאנשים עם בעיה דומה, אך במקורות חז"ל אין זכר לקביעה זו.
על דרך הלצה אומרים אנשים לקשר מנהג זה למסופר על יונתן בן עוזיאל – "שכאשר היה לומד תורה, כל עוף הפורח מעליו היה נשרף". קשיים בזיווג נובעים כתוצאה מ"ציפורים בראש", יונתן בן עוזיאל שורף את הציפורים שבראש ובכך מסיר את העיכובים לשידוך.
קברו של מוקרט
"מוקרט" (או: דמן מוקרט) הוא האדם לו מיוחס הקבר בעמוקה, סמוך לקברו של התנא רבי יונתן בן עוזיאל. תקופת חייו איננה ברורה, אך ככל הנראה היה תנא או אמורא, לאחרונה אותר קברו ועליו נכתב: "ציון התנא מוקרט זיע"א".
בית כנסת
חורבה ומבנה גדול מעל הקבר המיוחס ליונתן בן עוזיאל. שרידיה מצויים ממזרח לגיא, בו היה היישוב הקדום כפר עמיקו, עמיקין. במאה ה-19 כתב החוקר ויקטור גרן שראה במקום "בסיס עמוד וכמות של אבני גזית – שרידיו של בניין עתיק, אולי בית כנסת". צבי אילן כותב כי כיום יש במקום חוליה מגולפת של קורה או כרכוב ואבני גזית. חלק מאבני הגזית מרוכזות במרכז החורבה, במעין "במה". מערבה נמצא משטח של 20 על 30 מטר מתאים לבית כנסת. בעבר נמצא במקום לוח שבור משיש שעליו תבליט גפן, אולי חלק מהסורג
.