ב-1929, כאשר החלו הפוגרומים של הערבים נגד היהודים (מאורעות תרפ”ט) ומיהודי פקיעין לא נחסכו מוראות הימים ההם. לכפר הגיעו אנשי כנופיות, ואיימו לשחוט את כל היהודים. מוכתר הכפר הדרוזי, עבדאללה צאלח אבו חוסיין, מנע מן הכנופיות להיכנס לכפר. הוא נהג להסתובב בסמטאות בלילות עם רובהו והבטיח ליהודים שהם יכולים לישון בשקט, מכיוון שהוא ובני הכפר יערבו לשלומם.

ערביי פקיעין לא השתתפו בפעולות אנשי הכנופיות, שהיו מכפרי הסביבה, אך חלקם היו קרובי משפחה של אנשי הכנופיות ועל כן היה המצב מתוח ביותר. לשם זהירות היו היהודים ישנים בבתי חבריהם הדרוזים בלילות. בשבת, שעה שכל היהודים התכנסו בבית הכנסת, עמד המוכתר בעצמו על המשמר בפתח.

אמנם בסופו של דבר במאורעות אלה נאלצו יהודי פקיעין לעזוב את כפרם, מפחד הכנופיות הערביות, שהיו להוטות לפגוע בהם.

מפקד האוכלוסין שנערך ע”י ממשלת המנדט הבריטי ב-1931 מונה בפקיעין 412 דרוזים, 264 נוצרים, 71 מוסלמים ו- 52 יהודים, ושבעה תלמידים בלבד בבית הספר העברי. אנשי המקום היהודים טענו שמספר היהודים היה גדול יותר, אך כמה מהם נעדרו מהכפר בעת המפקד עקב עבודתם, ולא נכללו ברשימה.

ביומן משנת 1931 שכתב הנער גבריאל נקיבלי מצאנו מניין מפורט של הרכוש היהודי הציבורי והפרטי בפקיעין:

“רכוש הצבור הוא: בית הכנסת, בית הספר, בית השוחט, המקווה, בית הקברות, קברי הצדיקים, מערתו של רבי שמעון בן-יוחאי. לבית הכנסת 4 דונמים וִ 50 עצי זית הנותנים קנטר שמן לשנה. נדבו אותם אנשים לבית-הכנסת.

הרכוש הפרטי:

בתים 20, שוויים 1000 לא”י

אדמה 140 דונם, שווייה 300 לא”י

זיתים 270 עצים, שוויים 550 לא”י

זיתים קטנים 300 עצים, שוויים 100 לא”י

תאנים 50  עצים, שוויים 30 לא”י

גפנים 120 עצים, שוויים 30 לא”י

גנות 5 דונם, שוויים 300 לא”י

הרכוש החי: פרות 6, עגלים 5, חמורים 6, עזים 10, 3 סוסים”.