כשפרץ הדֶבֶר בשנת התקפ”ו (1826) הושיב ר’ ישראל משקלוב את תלמידיו בפקיעין וכך ניצלו ממוות.

בשנת 1837, כשפקדה את צפת רעידת האדמה האיומה שהחריבה את העיר, עברו לפקיעין אשכנזים רבים. ממקום מושבם החדש פנו לשר משה מונטיפיורי, לסייע בידם בהקמת בית כנסת ומקווה.

באוגוסט 1840 מגיע השר משה מונטיפיורי לביקור בארץ ישראל. כמה מיהודי פקיעין התנדבו ללוות אותו ואת רעייתו בעת ביקורם כשהם מזוינים בחרבות ובאקדחים עד פאתי ביירות. רב היה הרושם שהותירה חבורת השומרים והודות לבני-לוויה אלה כונה מונטיפיורי “מלך היהודים”. מימי ביקורו של השר מונטיפיורי לא פסקו יהודי פקיעין לקרוא לעזרה, ולא פסקו אישים להשתדל לשיפור מצבם הכלכלי והחברתי. מצבם הקשה של יהודי פקיעין במאה הי”ט חוזר ומשתקף בכמה תעודות מן הגניזה של השר מונטיפיורי בלונדון. לחץ השלטונות גרם לשמיטת הקרקעות מתחת לידם של יהודי פקיעין, ולהגירה או “גלות” אל ערים בארץ ואף לארצות הברית ולאמריקה הלטינית, בעקבות נוצרים מהלבנון ומהגליל. ברשימה שהגישו לשר, מתחננים אנשי פקיעין שישתדל השר בפני הרשויות ויציל אותם מעבודת הכפייה בצבא, מנגישת הנוגשים ומעול המיסים הכבד המוטל עליהם.

בשנת 1852  כותב החוקר אדוארד רובינסון:

“מקום זה הוא הדוגמה היחידה של יהודים עובדי אדמה בארץ-ישראל. על כן יש מאמינים, שיהודי אל בוקייעה הם צאצאיהם של תושבי ארץ-ישראל הקדומים, שלא גורשו ע”י מושלי הארץ המאוחרים. הם, יהודי בוקייעה, אומרים שאבותיהם ישבו שם מאז ומתמיד. אכן ההנחה שיהודים יכלו לשבת (מוגנים) בפינתם ההררית, הרחק מדרכי הגייסות והתעבורה ומכל מקומות העלייה וההשתטחות על קברים קדושים של היהודים בארץ זו, אינה סותרת את האפשרות”.

בשנת התרט”ו (1855), מונה “לוח בני ישראל ק”ק ספרדים הי”ו חוֹנֵי עיה”ק פקיעין” שהוגש לשר מונטיפיורי עשרים בעלי-הבתים מפרנסים בכפר: 9 סנדלרים, אחד חזן ומוהל ואחד שוחט ובודק, אחד מלמד תינוקות ורק אחד “חורש אדמה”.

בשנת 1883 מציין סיר לורנס אוליפאנט לאחר סיורו בארץ ישראל כי “עשרים המשפחות היהודיות בבוקעייה דומה שהן יוצאות גזע אחד. לכולן השם כהן, ומעולם לא התחתנו עם עם-הארץ ולא עם יהודים אחרים…”.

בשנת 1889 בקירוב, עורך רבי מנחם מנדיל מראבין מסע השתטחות במקומות הקדושים בארץ ישראל. תחנה חשובה במסעו היא פקיעין. הרב מגיע אחוז התרגשות גדולה, אל בית הכנסת העתיק, אל ציון קבר ר’ אושעיא איש טיריא ואל מערת הרשב”י ובנו ר’ אלעזר, ואל ציון קבר ר’ יוסי דמן פקיעין:

“אחר הצהריים באנו עיר הקודש פקיעין. שם בעיר ההיא כחמישה ועשרים ספרדים ואשכנזי אחד מילידי צפת. ויהי ואנחנו מריקים שקינו, והנה האיש האשכנזי בא וישאג בקול: ‘למה תעשו כה לעבדכם לבלי סור אליי, והנה ביתי לפניכם כטוב בעיניכם, ואנוכי פיניתי הבית ומקום ללין! בואו אליי ואיכלו מחלב ודשן ביתי ושתו ביין מסכתי כאשר לאל ידכם!

… אחר מעריב חזרנו לבית האיש הנכבד ושם כבר הוכן לפנינו שלחן מלא מגד ומעדני מלך, ממאכלי חלב ויין, כי האיש מנגידי הארץ ייחשב ושוּעַ הגדול בכל כיכר הוא, ולבב טוב לו ולכל בני ביתו כראוי ליליד ארצנו הקדושה. גם לינת הלילה היה לנו לעונג ולשמחה, מאשר הוכן לפנינו במצע טוב כרים וכסתות כראוי לנו”.