בית הכנסת הרמח"ל נמצא ברחוב השוק, הלוא הוא הרחוב הראשי של שוק עכו העתיקה. הוא נותר כאן כאחד מהרמזים האחרונים להיסטוריה היהודית העתיקה של עכו ובשנים האחרונות עבר שיפוץ ושיחזור כדי שיוכל להמשיך ולקיים את מסורתו זו.

בית הכנסת היה בית תפילה קטן ששטחו גם היום אינו גדול. הוא נקרא על שמו של רבי משה חיים לוצאטו, שהגיע לעכו מאיטליה בשנת 1743 ונחשב אז לאיש מעורר מחלוקת. עם השנים הוכיחו כתביו הרבים כי מדובר באיש תורה וקבלה מוביל. הוא זה ששיפץ את המבנה הקטן ברובע היהודי של עכו והפך אותו לבית תפילה. בימת בית הכנסת הוצבה, כנהוג באיטליה, מול ארון הקודש והתקיימו בו לאורך השנים תפילות ואירועים יהודיים רבים.

בתוך בית הכנסת, שהיה מקום התפילה היחיד ליהודים בתוך העיר העתיקה, נמצא מרתף עתיק שגלוי למתפללים במקום. המרתף שימש גם הוא לתפילה ונבנה על ידי הרמח"ל כפרשנות לפסוק "ממעמקים קראתיך ה'".

בקירות בית הכנסת קיים צוהר שממנה צפו הנשים על התפילות, שכן הרמח"ל אסר על כניסת נשים לבית התפילה ולכן היו נשות הקהילה היהודית בעכו עומדות מחוץ למבנה ומקשיבות לתפילות ולתקיעות השופר.

גבאי בית הכנסת הפועל במקום גם כיום מחזיק בספר תורה היסטורי, שמספק הצצה לאמנות המיוחדת של כתיבת ספרי תורה. במקום ניתן לערוך סיורים, חגיגות בר ובת מצווה ואירועים שונים בהזמנה מראש, על ידי יצירת קשר עם החברה לפיתוח עכו העתיקה.