מאורעות מלחמת העולם הראשונה שפקדו את הישוב היהודי פסחו על פקיעין, ואנשי המקום המשיכו בחייהם השקטים. בראשית המלחמה לימדו בבית הספר היהודי בפקיעין- הרב יעקב משה טולידאנו, ברוך טולידאנו ואליהו רוח מטבריה.

הרב יעקב משה טולידאנו נולד בטבריה ביום י”א אלול תרל”ט, שם גדל והיה לתלמיד חכם נודע. לצד ההתמדה בלימוד תורה גילה פעילות רבה בתחום התורני-ציבורי בטבריה: יסד גן ילדים ובית מקרא לנוער, היה חבר ועד העיר ועמד בראש תנועת המזרחי במקום. בהתעורר הצורך לפעול לגאולת קרקעות ולחיזוק הישוב היהודי בגליל העתיק מקום מגוריו לפקיעין ועל תקופה זו אמר אחר כך: “בגינות פקיעין היפות נחה עלי הרוח”; ואכן רבים מכתביו ומחקריו נכתבו בפקיעין.

ארבע שנים שהה בפקיעין ויסד שם לראשונה בית ספר יהודי, וכן עסק בתחזוקתבית הכנסת העתיק במקום. גם כאשר שב לטבריה פעל לקניית קרקעות ולביסוס הישוב היהודי במקום ובגליל כולו וקפץ עליו רוגזם של השלטונות התורכיים, עד אשר גרשוהו בשנת תרע”ו (1916) לאי קורסיקא בצרפת. פעמים רבות עשה בשליחות קודש בקהילות ישראל בתפוצות ובשנת תש”ב (1942) נבחר לרבה הראשי הספרדי של תל אביב. נפטר בכ”ד תשרי תשכ”א. בזכות פועלו של הרב טולידאנו, הצליחו אנשי המקום להעמיד בית ספר לילדיהם ולהקנות להם חינוך יהודי.

“בפקיעין ייסדה חברת חובבי ציון בית ספר קטן, למען יהיו ילדיהם מחונכים לתורה ולדרך ארץ” כותב א.מ לונץ בלוח ארץ ישראל לשנת התרע”ד.

עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה נפוצה השמועה בכפר שחיילים תורכים מתכוונים לפשוט על הכפר ולגייס מבניו בכוח. הגברים הצעירים חמקו אל ההרים. החיילים שמצאו את הכפר ריק מצעירים זעמו וכעונש לקחו עמם את שאול זאב תומא, מראשי הקהילה היהודית של פקיעין. הוא נספה במסע הכפוי עימם ולא זכה לבוא לקבר ישראל. בעקבות רדיפות הצבא התורכי את הצעירים היהודיים בכדי לגייסם היגרו כשלושים איש מיהודי פקיעין לדרום-אמריקה, מהם אחד עשר לארגנטינה. עשרה נערים יהודיים בלבד המשיכו ללמוד את התפילות, ובית הספר נסגר במהלך שנים אלו. הנערים נשלחו ללמוד בבית הספר הרוסי אשר בכפר.

לאחר המלחמה נפתח שוב בית-הספר. בביקורו הראשון בפקיעין, בשנת התרפ”ג כותב יצחק בן-צבי כי “העדה היהודית בפקיעין סובלת בענייניה הציבוריים מפני מיעוטה במספר… כל יהודי הכפר יודעים לקרוא את התפילות, אך רק בודדים יודעים ללמוד. ידיעת העברית היא למעשה פרי הדור האחרון. כל הילדים למדו עברית מבית הספר…”

בשנת התרפ”ד היו בביה”ס כשני מניינים של ילדים. בל”ג בעומר של אותה שנה ביקר בן-צבי בפקיעין ויהודי המקום פנו אליו בדבר עזרה וסיוע לאחזקת בית-הספר בכפר. בן-צבי קיבל מהם רשימה של ספרי לימוד שחסרו כמו מפת א”י, ספר כתיבת הארץ, “ספר כתיבת אירופה”, ספרי היסטוריה ועוד. במכתב מיום ג’ אלול תרפ”ד מאשר המורה ר’ משה לוי את קבלת הספרים בזו הלשון:  “שמע נא אדוני את הד ברכתנו ותודתנו, היוצאים עמוק מלב ונפש ישוב היסטורי, וקבלם נא כקבלתנו אנו את מתנתכם ברגש. למתנה קטנה זו יש ערך גדול אצל יישוב עזוב כפקיעין”.

ב-1926 הוקם מבנה חדש לבית-הספר היהודי ביוזמתו של אחד המורים, מר ציון לוי. בחודש אלול של אותה שנה (תרפ”ו) בנתה מחלקת החינוך של הסוכנות היהודית את בית הספר החדש במרכז הכפר והוא הועבר לידי הועד הלאומי. הבניין בן שתי הקומות נבנה באותו מקום בו נמצא המקווה של הכפר, שהיה מקבל מים ממי המעיין הגדול. עד היום נמצא המקווה בתחתית בניין בית-הספר היהודי. מלבד תפילה, מקרא ומשנה נלמדו בבית הספר מקצועות כמו חשבון, היסטוריה ומדעים. בשנת 1927 מניין התלמידים בבית הספר העברי עמד על 25.

במפקד מסוף שנת 1931 מנו יהודי פקיעין 52 נפשות. בבית-הספר העברי למדו 7 תלמידים.

גבריאל נקיבלי, תלמיד בית הספר העברי בכפר, מתאר ביומנו בהיותו בן 13, את חיי הכפר. יומן זה משנת תרצ”ה (1931) נכלל באוסף תעודות השמור בעיזבונו של נשיא מדינת ישראל המנוח, יצחק בן-צבי. היומן פורסם מאוחר יותר כחלק מפרויקט שיזמה הקק”ל תחת הכותרת- “מפי ילדי הארץ; סיפורים, רשמים, שיחות וציורים של ילדי ארץ ישראל”. חוברת שביעית מאותו פרויקט עסקה כולה בכפר פקיעין, ובה פורסם יומנו של גבריאל נקיבלי במלואו. וכך הוא מתאר את בית-הספר: “בניין בית-הספר היהודי נבנה לפני חמש שנים במקום התנור והמקווה מימי שמעון בר יוחאי. הנה העתקה של הציון שנקבע מעל פתח הבית –

‘לזכר עולם: ישאו ברכה מאת ה’ כל אלה שהתנדבו לבניין בית-ספר זה שממנו תצא תורה לבני ישראל לא יישכר ולא יימכר ולא ייגאל מעתה ועד עולם. נבנה כח’ אלול שנת תרפ”ו, 1926′.

תלמידי בית- הספר הם 22 במספר. 13 ילדים, 9 ילדות. הם מחולקים לארבע כיתות, המקצועות הנלמדים הם: חומש, חומש ורש”י, נביאים, כתובים, משנה, תלמוד, דינים, עברית (קריאה, כתיבה ודקדוק), מולדת, חשבון, גיאוגרפיה, שירה, ציור, התעמלות, אנגלית וערבית (תלמידי הכתה הגבוהה לומדים כל יום שעה אחת בבית-הספר הממשלתי: ערבית – קרוא וכתוב)”.

עם פרוץ המרד הערבי הגדול ב-1936 חשו יהודי פקיעין שהחיים בכפר אינם בטוחים ורבים מהם שלחו את ילדיהם לקרובי משפחה בחיפה, טבריה והמושבה מגדל.

עם שובם של יהודי פקיעין לכפר הוכרחו הגברים לצאת לעבודה במושבות העבריות. הם היו שבים בחגים ומביאים מחסכונותיהם למשפחות שנשארו בכפר. באותה שנה עזב המורה האחרון שלמה לוי את הכפר, מפחד הכנופיות שמלאו את האזור. מורה אחר לא נשלח לפקיעין ובית הספר נסגר. ניתוק הגברים ממשפחותיהם הקשה על הנשארים בכפר ובשנת 1937 התכוונו נשות פקיעין לצאת עם ילדיהן הקטנים שנשארו בכפר אל משרדי הקק”ל בירושלים ולא לזוז משם עד שיובטח להם קיומם בכפרם. אך בינתיים הוחרפו המאורעות בארץ ויהודי פקיעין הוכרחו לעזוב את הכפר בלחץ הכנופיות הערביות. הם התפזרו ביישובים שונים והועסקו בהקמת גדר-התיל בצפון, שנבנתה על ידי הבריטים כדי למנוע כניסת כוחות ערבים ממדינות שכנות לארץ. בתום “המרד הערבי הגדול”, בשנת 1939, חזרו 5 משפחות לכפר: 3 משפחות מהחמולה של זינאתי ושתי משפחות מהחמולה של נקיבלי.

יוסף זינאתי חזר עם משפחתו לכפר ופנה לארגון “המזרחי” בבקשה שיקבלו את בנו שאול לתלמוד תורה. ה”מזרחי” דרש סכום מאוד גבוה עבור הוצאות הלימוד והפנימייה והדבר לא התאפשר. כשפנה אל בית-הספר הערבי בכפר נענה בתשובה שלילית: הכיתות כולן בתפוסה מלאה, טען המנהל. זינאתי כתב לנשיא המדינה יצחק בן-צבי, וזה פנה למשרד החינוך, וקיבלו את הנער ללמוד בכפר. עובדת היותו ילד יהודי יחיד בחברת ילדים ערבים הייתה קשה מאוד לאביו והוא פנה שוב לבן-צבי, שהבטיח כי יחפש מוסד ראוי לנער וכי ישתתף בהוצאות הלימוד.

“רק דבר אחד יחסר להם: בית ספר עברי. אין הם צריכים לא כסף ולא זהב, לו רק ניתן חינוך יהודי לבנו, שיוכל לומר קדיש אחריו בבוא יומו, ויוכל להמשיך את שלשלת הדורות במקום…” כותב ביומנו גרשון פרדקין, מפקד גדודי-הנוער-העברי ביגור והסביבה (הגדודים פעלו במסגרת ‘ההגנה’), לאחר ביקור בפקיעין באחד הסיורים להכרת חבל הגליל. באותו מעמד מתחייב פרדקין לפעול למציאת מסגרת מתאימה לילדי זינאתי.

הוא מביא את העניין לפני מזכירות משק יגור ונענה בחיוב: שאול ומרגלית זינאתי הובאו ליגור ולמדו שם במשך שנתיים. בשנת הלימודים השלישית המליצו חברי יגור ליוסף זינאתי להעביר את ילדיו לבית-ספר בירושלים שם לומדים ילדים שלא קיבלו חינוך סדיר, כילדיו. זינאתי נסע אל בן-צבי ונמצא מקור להחזקתם ובהמלצתו של הנשיא התקבל שאול לפנימייה של מוסד “בית הנוער ארנונה תלפיות” לבנים, ומרגלית לפנימייה של בנות ב”בית מלכה” שבגבעת שאול.

כיום שייך בניין בית-הספר להקדש היהודי של כפר פקיעין. לפני כעשר שנים הוקם בו כולל אברכים. בבית-הספר משמשים אולם הרצאות וחדרי שיעורים את המטיילים והמבקרים בפקיעין.