בית הכנסת הוא המבנה הציבורי הראשון שנבנה במושבה. המייסדים שבאו מרומניה בשנת 1882, בנו אותו כמבנה צנוע באתר שכונה על ידי ערביי ג'עוני "כניס אל – יהוד ", ועל פי ההשערה עמד בו בית כנסת קדום . באמצע שנות ה-80 של המאה ה-19 , אחרי שפרש הברון רוטשילד את חסותו על המושבה, הרחיבו פקידיו את בית הכנסת – כחלק מבנייתם של מבני ציבור נוספים .
בית הכנסת שמש מרכז החיים החברתיים של תושבי המושבה שרובם היו דתיים . בנוסף על תפילות ואירועים דתיים , נערכו בו גם התכנסויות קהילתיות וחגיגות פרטיות במשך עשרות שנים .
לאחר שהרחוב העליון ננטש,בסוף שנות ה-50 של המאה ה-20 , ירד בית הכנסת מגדולתו עד שעבר תהליכי שימור ושיפוץ בסוף המאה ה- 20 .
פעולות השימור והשחזור שימרו את אופיו המיוחד של המקום , על תקרתו העגולה , ציורי הקיר ורהיטיו המקוריים , שרובם מימי העליה הראשונה .
בית הכנסת בנוי כבית כנסת אשכנזי (ספסלים מסודרים בשורות משני צידי הבמה). ארון הקודש שלו ופיתוחיו המיוחדים עוצבו על ידי הנגר עקיבא דרקסלר.
בצידו המערבי של בית הכנסת מצוי עדיין גרם מדרגות מקורי היורד אל בית המרחץ מתחת לבית הכנסת , והלאה משם לנחל ראש פנה ולבית העלמין .
בית הכנסת פעיל והמתפללים בו חוזרים ופוקדים אותו.