בית הכנסת הוא עדות חיה ומרשימה לקיום הישוב היהודי הקדום בפקיעין, שתחילתו בימי בית שני, עת בית מדרשו של ר’ יהושע היה שוקק חיים ולימוד תורה. החוקרים מציינים כי לאחר חורבן בית שני הגיעו משפחות כוהנים מירושלים לגליל ומספר משפחות השתקעו בפקיעין. לפי מסורת בני המקום, שהם כולם כוהנים ממשמרות הכהונה בבית המקדש וחלקם אף מיוחסים לר’ יוסי מן פקיעין, הובאו לבית הכנסת אבנים מבית המקדש, שעליהן היו מסותתים מנורה, אתרוג ולולב, וגם אחד משערי בית המקדש – דמות שער ניקנור.

בית הכנסת העתיק עשוי היה מקורות עץ ואדמת חמרה, וניזוק קשה ברעידת האדמה הגדולה ב-1837 , ובשתי רעידות אדמה נוספות. הגג התמוטט כליל והמבנה עצמו ניזוק קשות. ב-1873 הסתיימה בנייתו מחדש של בית הכנסת, שהוקם על חורבות בית הכנסת העתיק. היוזמה והתרומה להקמתו מחדש הגיעה בשנת תרל”ג מאחד מעשירי ביירות, ר’ רפאל הלוי, שהיה שר וטפסר יהודי בלבנון. רפאל הלוי שביקר בפקיעין וראה כי בית הכנסת דולף בחורף, ציווה להרוס את הגג העשוי עץ, שנרקב כולו, ויצקו גג בטון תחתיו. כן סיידו את הקירות, שיפצו וצבעו את התריסים והדלת, ופרוכת חדשה תלו על הארון. על משקוף בית הכנסת מתנוססת עד היום כתובת המציינת את תרומתו הנדיבה של ר’ רפאל הלוי.

בשנת 1883 ביקר סר לורנס אוליפנט, אחד מחסידי אומות העולם, בפקיעין ונהנה מאווירה הצח והמבריא, מיפי המקום, פירותיו המרובים ומימיו הטובים, ותרם לבדק בית הכנסת. בשיפוץ המקיף שנעשה בזכות תרומתו זו, שובצו האבנים שהיו במבנה העתיק בתוך המבנה החדש.

בשנת 1889 בקירוב יצא רבי מנחם מנדיל ראבין, בעל ה”עיני מנחם” למסע השתטחות במקומות הקדושים. את מסעו זה תיאר בכתביו: …”אחר הצהריים באנו עיר הקודש פקיעין. נסענו כולנו לפני פתח בית הכנסת  אשר שם…. כל צדיקי וקדושי ארץ ערגו כאיל להתפלל בבית הכנסת הזה, כי קבלה היא בידינו, כי בבנין חומת בית-הכנסת הזה נבנה שני אבנים מאבני בית המקדש”. ואכן על פי מסורת בני פקיעין האבנים שהובאו מבית המקדש הושכבו על צידן בבנין החדש לזכר החורבן, אבל כוסו בטיח כדי שלא יגנבו.

בין השנים 1926-1931 בדקו ארכיאולוגים את מבנה בית הכנסת והגיעו למסקנה שלא מדובר באבני בית המקדש, אלא בשני לוחות אבן עתיקים ששרדו מבית הכנסת הקדום. הארכיאולוגים קבעו שעל לוח אחד יש תבליט של ארון הקודש ועל השני מנורה, לולב, שופר ומחתה, ואלה סימנים מובהקים לקדמוניות היהודים מימי המשנה והגמרא באזור פקיעין.

החוקר ש’ קליין השווה את הכתובות השונות שנשארו בבתי הכנסת העתיקים בגליל ומצא כי הן מיוחסות לזמנו של רשב”י, כלומר, שנת 170 לספירה בקירוב. ממצא זה תואם את קביעתם של החוקרים קוהל וואצינגר, המייחסים את בניין בתי הכנסיות שבגליל לסוף המאה השנייה לספירה, שהיא סוף תקופת המשנה.

בית-הכנסת שימש גם כבית הספר של ילדי הקהילה היהודית עד לשנת 1926, אז נבנה במאמצי המורה ציון לוי בית ספר יהודי במרכז הכפר על ידי מחלקת החינוך של הסוכנות היהודית, בניהולו של הועד הלאומי.

יצחק בן צבי, מחוקריה הידועים ביותר של פקיעין, מספר כי בביקורו השני בכפר בשנת תרפ”ו (1926) הציגו בפניו התושבים ארבעה ספרי תורה פסולים, גנוזים בארון מיוחד בתוך אחד מקירות בית הכנסת. צורת הכתב והאותיות של ספר התורה מעידה על מוצאם האשכנזי. זקני העדה סיפרו לבן-צבי ששמעו מאבותיהם כי היה בעבר יישוב אשכנזי בפקיעין. חיזוק לדבריהם ניתן למצוא בלוח ארץ ישראל שכתב ר’ אברהם משה לונץ בשנת התר”ס בו תיעד את קורות חיי הכפר, ושם הוא מציין כי “בבית הכנסת הרעוע של קהילת פקיעין נמצאו שבעה ספרי תורה כשרים וכמה ספרי תורה בלויים ופסולים, הכתובים בסגנון כתיבת האשכנזים בעת ברחם מהכפר”. עוד הוא מוסיף כי “קרוב לסוף המאה החולפת היה בכפר הזה גם יישוב קטן מבני האשכנזים, וגם להם היו בתי אחוזה ובית-כנסת מיוחד. אולם התלאות והצרות התכופות שבאו על ארץ הגליל בהעשור האחרון של המאה החולפת: שוד וחמס מהדרוזים, רעש הארץ ומגפה, הרסו והחריבו את יישוב האשכנזים כולו. מהם מתו ונהרגו, ומהם ברחו להערים הקרובות והרחוקות”.

בשנת תר”צ (1930) גילה יצחק בן צבי אבן שנייה, הסמוכה לראשונה ובגודל זהה, ועליה תבליט של דלת היכל. משני עברי הדלת מצוירים שני עמודים גדולים ועליהם קוים עגולים מתפתלים כנחשים. הציור כולו לדעת בן-צבי, הינו ללא ספק תמונת ארון הקודש של בית הכנסת וכי “יש לשער שהאבן הייתה מתנוססת מעל לארון הקודש האמיתי” (בן-צבי, ‘שאר ישוב’ עמ’ 39). לדעת מומחים שייכת תצורה אמנותית-ססגונית זו לתקופה קדומה שטרם השפעת האסלאם (-מהמאה השנייה עד החמישית), וכמו תיארוך האבן הראשונה עם תרשים המנורה, וזהו חיזוק להשערת בן צבי, כי פקיעין הייתה ועודנה ישוב יהודי עתיק, עוד מימי הרומאים והביזנטיים. “זוהי אפוא ראייה נוספת לכך, שכאן היה יישוב יהודי קדמון מימי הבית השני” מסכם בן-צבי את חקירתו בעניין (בן צבי, שם). את האבן השלישית גילה בן צבי באחד הבתים הדרוזיים בכפר, הקרובים לרובע היהודים ולבית הכנסת. האבן הייתה שקועה בקיר ועליה ציור של אשכול ענבים. מוטיב זה אופייני לאומנות היהודים הקדמונית, המציג את אחד משבעת המינים שנתברכה בהם הארץ הקדושה.

בשנת 1950 שופץ בית הכנסת ביוזמתו של יצחק בן צבי, מי שהיה לנשיאה השני של מדינת ישראל כעבור שנתיים.

כיום משמש בית הכנסת את יהודי הגליל הבאים לפקיעין ומצרפים את תפילותיהם לתפילות הרבות שנאמרו במקום זה במשך אלפי שנים. בית הכנסת מתפקד גם כאתר תיירותי ורבים חוגגים את שמחותיהם – חתונה, בר-מצוה, חלאקה ועוד – בבית הכנסת.

בשנים האחרונות הצטרפו משפחות יהודיות נוספות לפקיעין, וקול התפילה נשמע שוב בין כותלי בית הכנסת. מרגלית זינאתי, הנצר האחרון לבית זינאתי בכפר, שומרת על בית הכנסת ודואגת לתחזוקה השוטפת במקום הקדוש.
הצג את בית הכנסת העתיק בפקיעין במפה גדולה יותר