בית הכנסת האר"י הספרדי נחשב כבית הכנסת העתיק ביותר בצפת. נמצא בסמוך לבית המאירי, מעל לבית העלמין העתיק.

בית הכנסת ששורשיו במאה ה-14 נקרא בתחילתו על שם אליהו הנביא. הנוסע משה באסולה שביקר בצפת בראשית1522  כתב: "ויש בה ג' בתי כנסיות… ואחד של מערביים (=יוצאי צפון אפריקה), וקורין לה כנסת של אליהו ז"ל, כי היא קדומה, וקבלה בידם שאליהו ז"ל התפלל בה". על פי המסורת בבית כנסת זה התפלל ולמד רבי יצחק לוריא (האר"י), שהתגורר בצפת בשנים ה'ש"ל-ה'של"ב (1572-1570).

בית הכנסת נפגע ברעידת האדמה שהייתה בצפת בשנת1759  ונהרס ברעידת האדמה של שנת 1837, שבה נספתה מחצית הקהילה ונחרבו כמעט כל בתי הכנסת בעיר. שיקום בית הכנסת בעזרתו של הנדבן האיטלקי יצחק גואטה נמשך 16 שנה.

בשל מיקומו של בית הכנסת בקצה הרובע היהודי הוצבה בו במלחמת העצמאות עמדה של אנשי ההגנה.

בשנים 1990 ו-2005 עבר בית הכנסת עבודות שיפוץ ושימור.