עם צאת הכוחות האנגלים מהארץ נעשתה פקיעין מקום ריכוז לכנופיות הערביות באזור.

זמן קצר לפני פרוץ מלחמת העצמאות עוזבות את פקיעין ארבע משפחות. כעבור שבועיים, בפקודת פאוזי אל-קאוקג’י, המפקד הסורי הבכיר באזור, עזבה גם משפחת זינאתי את הכפר. בני המשפחה הועברו לנהרייה, שהייתה גבול השלטון היהודי, ואת כל רכושם הותירו בידי חבר המשפחה מוחמד אחמד מחמוד. ב”מבצע חירם” נסוגו כוחות “צבא ההצלה” של פאוזי אל-קאוקג’י מצפון הארץ והגליל לאחר שמפקדתו של אל-קאוקג’י, שהייתה בתרשיחא, נכבשה ע”י צה”ל. במבצע השתתפו חטיבות כרמלי, עודד וחטיבה 7 וכן פלוגה צ’רקסית ופלוגה דרוזית.  במבצע נכבשו לב הגליל והגליל העליון, כולל סאסא, עילבון, תרשיחא ומע’אר. עם קום מדינת ישראל נתחדש המשא ומתן עם תושבי פקיעין הלא יהודיים בדבר ריכוז שטחים עבור חקלאות ומגורים לחידוש יישוב יהודי במקום היסטורי זה.