החל מהמאה הי”ח מוצאים במקורות את השם “פקיעין” במקום “בוקעייה”, או “תקוע” על-פי התלמוד. זאת כנראה בהשפעת חכמי הקבלה מצפת, שהסתמכו על ר’ יוסי דמן פקיעין, הנזכר בספר הזוהר.
מעשרת היישובים הכפריים היהודיים בגליל המוכרים לנו מן המאה הט”ז, מתגלים לפנינו במאה הי”ח רק שלושה: פקיעין, כפר יסיף ושפרעם.
בשנת התק”ב (1742) קובעים ר’ חיים בן עטר (מחבר “אור החיים”) וחבורתו את ישיבתם בכפר לחודשיים ימים. וכך הוא כותב ר’ חיים: “..הלכנו כולנו לכפר פקיעין תוב”ב, שהוא ודאי א”י כצפת וטבריא. ויש שם המערה שבה נטמן רשב”י ע”ה והחרוב שממנו היה מתפרנס, וקדשנו עצמנו שם ולמדנו שם ב’ חודשים סיוון ותמוז..”.
בשנת 1754 מונה המיסיונר היהודי שולץ עשר משפחות יהודיות בפקיעין. היהודים היו לבושים כערבים, ואי אפשר היה, על פי עדותו, להבדילם משכניהם.
לאחר רעידות האדמה הקשות של שנת 1759 קובעים רבנים יוצאי צפת ישיבה בפקיעין. בין הלומדים גם ר’ חיים ניסים ירוחם מווילנה, בנו של ר’ יעקב מווילנה, מסיעת ר’ יהודה החסיד.
בשנת 1765 כותב ר’ שמחה בר’ יהושע, בעל “אהבת ציון”: “בפקיעין יושבים נ’ בעלי בתים עובדי שדות וכרמים, ונקראים פלחין. ופקיעין מלאה כל טוב, ארץ אשר לא תחסר כל בה, מעינות מים יוצאים בבקעה ובהר…”.
במשך ארבע מאות שנה ניסו יהודים, כיחידים וכקבוצות, להשתקע בכפר. חלקם עסקו במסחר, בהלוואת כסף לערבים ולדרוזים או בחכירת אדמות ובהחכרתן, ומהם שנכספו לשבת וללמוד תורה וקבלה בפקיעין שהרי מערת רשב”י נמצאת בה ושאר ציוני חכמים וגדולים.
בשנת 1781 משתכנת בפקיעין חבורה מן החסידים שעלו לארץ ישראל ב”עליית החסידים” מרוסיה ופולין בשנת 1777, והיא יושבת בפקיעין יותר מ13 שנה. מנהיגי החסידים שעלו ארצה בין אנשי חבורה זו, היו ר’ מנחם מנדל מוויטבסק (הרמ”ם), בנו ר’ משה ור’ אברהם מקוליסק.
הזיכרונות מהיישוב האשכנזי בפקיעין דלים מאוד. לכן, ישנו ערך רב למכתב השד”רות שהוא מסמך נדיר ונמצא בבית-הספרים הלאומי בירושלים. המכתב, שנדפס בעלון בפולין, ניתן על שם השד”ר “כהן משיח, עובר ממקום למקום, הוא כבוד רב כהנא קדישא שר התורה אחד מאריות שבחבורה, הרב הכולל כש”ק כמוהר”ר שלמה זלמן הכהן… שלוחא דרחמנא ושלוחא דידן”. על החתום באו “החותמים בשם כל אחינו חכמי האשכנזים אשר ישנם פה עמנו עומד היום, שלהי אב שנת התקמ”ט לפ”ק (1789) פעה”ק טבריא וצפת ופקיעין תובב”א”.
השימוש בתואר “עיר הקודש” לפקיעין, והעמדתה בשורה אחת עם טבריה וצפת מעידים כי בפקיעין הייתה אז עדה אשכנזית, שלישית במעלה, אחרי טבריה וצפת. בראש החותמים על מכתב השד”רות מופיע שמו של האדמו”ר אברהם בלא”א מ”ו אלכסנדר כ”ץ, הוא רבי אברהם קאליסקר מקוליסק, שבא לארץ יחד עם ר’ מנחם מנדיל מוויטבסק. אחרי מות הרמ”ם עמד ר’ אברהם הכהן מקוליסק בראש עדת החסידים עד לפטירתו בשנת התק”ע.