סיפורה היהודי של פקיעין מתחיל בזמן בית המקדש השני, אז הגיעו שלוש משפחות כוהנים ששרתו בבית המקדש אל הגליל והתיישבו בכפר, בו פעל בית מדרשו של ר’ יהושע בן חנניה, שלימים הפך לראש החכמים. מאז ועד היום לא נפסקה שרשרת הדורות היהודית בפקיעין וזהו אחד המקומות היחידים בארץ אשר בניו לא הלכו אל הגולה.