4000-3300 לפנה”ס – התקופה הכלכוליתית

בקיץ 1995 נחפרה בצידו המערבי של נחל פקיעין, במדרון הצופה אל הכפר, מערה טבעית גדולה ששימשה לקבורה ובה שפע של ממצאים מן התקופה הכלקוליתית המאוחרת. זו הייתה הפעם הראשונה בה נמצאו באזור שרידים מתקופה מוקדמת זו, בה החקלאות הופכת לבסיס הכלכלה בארץ ישראל.

בשנת 2003 בעת חפירת יסודות למבנה גדול במדרון המערבי של הכפר פקיעין, פגעו דחפורים בשרידי ישוב פרוטו-היסטורי. בעקבות פגיעה זו נערכה ביולי 2003 חפירה במקום מטעם רשות העתיקות ונערך סקר ארכיאולוגי לאיתור שטחם של הישובים הקדומים בפקיעין ובחורבת-גיס שמצפון מערב לכפר.