המקווה העתיק בפקיעין נמצא בקומת מרתף ממש מתחת לבית הספר העברי. המים זרמו ממעיין הכפר. המקווה שימש את קהילת היהודים כמקווה טהרה.

בספרו, מתאר בן צבי את “שמירתם החמורה על מנהגי הדת” וכך הוא מספר “הפלאח אשר ליווה אותי בדרך, מהלך חמישה עשר קילומטר, לקח את תפיליו אתו והניחן בדרך להתפלל בהן. זהירים הם בנטילת ידיים ובברכה על כל דבר שבא אל פיהם, ואין צריך לומר עד כמה זהירים בכשרות.” לכן, אין להעלות על הדעת שדווקא בנושא טהרת המשפחה לא הקפידו יהודי פקיעין. אף בסקר רכוש יהודי שבוצע בשנת 1943 על ידי הקרן הקיימת מוזכר מבנה בית הספר הממוקם מעל מקווה הטהרה אך המקווה עצמו לא מוזכר. אין לדעת איך ליישב עניין זה, אך עובדה היא כי קיים מקווה טהרה אשר שייך להקדש היהודי של פקיעין ואשר היה מחובר בתעלת מים מקורה למעיין במרכז הכפר. המקווה נמצא בקומת המרתף של בית הספר העתיק.

בקרב הקהילה היהודית למקווה יש חשיבות כמעט כצו לבית כנסת.